B型慢性肝炎の場合は、ウイルスを体から排除することはほぼ不可能で、治療の目的は「肝硬変への進展や発がんをおさえて長生きすること。そして毎日を快適に過ごすこと。」となります。
治療法は、大きく分けて、抗ウイルス療法（インターフェロン（IFN）や核酸アナログ製剤）や肝庇護療法、免疫療法（ステロイドリバウンド療法など）があります。
B型急性肝炎の場合は、一般に肝庇護療法により、ほとんどの方は治癒します。しかし、B型急性肝炎を発症した方では、劇症肝炎になり死亡する危険性もまれにあるため注意が必要です。